このブログは Movable Type 3、MT4 MT5 MT6 MT7 MT8 とバージョンアップを繰り返している環境ですが、8.8.5 から 9.0.9 にバージョンアップしたタイミングで Upgrade.pm がエラーとなり進まなかった為、以下対応しました。

mysql の Mobable Type データベースのインデックス名を見る限り、まだほかにも "mt_" が付かないインデックス名もありましたが、次にエラー出た際になおせばよいので、今回は放置しました。

mt_tbping テーブル
ALTER TABLE mt_tbping RENAME INDEX tbping_blog_id TO mt_tbping_blog_id;
ALTER TABLE mt_tbping RENAME INDEX tbping_tb_id TO mt_tbping_tb_id;

mt_entry テーブル
ALTER TABLE mt_entry RENAME INDEX entry_blog_id   TO mt_entry_blog_id;
ALTER TABLE mt_entry RENAME INDEX entry_basename  to mt_entry_basename;

mt_comment テーブル
ALTER TABLE mt_comment RENAME INDEX comment_created_on TO mt_comment_created_on;
ALTER TABLE mt_comment RENAME INDEX comment_entry_id   TO mt_comment_entry_id;
ALTER TABLE mt_comment RENAME INDEX comment_blog_id    TO mt_comment_blog_id;

その後は無事、アップグレードが進んで完了です。